1. Достаточно «широкое» описание критериев. Это позволяет трактовать их различным образом, в том числе отличным от посыла их создателя образом.
2. В рамках одного критерия могут быть совершенно различные значения. Например, в рамках критерия «количество исполнителей проекта» мы можем написать как количество человек, так и количество организаций. Их сопоставление — некорректно. Тем не менее это возможно. И опять мы возвращаемся к пункту 1.
3. В рамках группы критериев «общее удобство использования» можно было бы добавить ряд критериев, которые оценивали бы визуальную составляющую сайта (это первое, что бросается в глаза пользователю, поэтому выводы о системе он может сделать в том числе и на этом основании. К тому же красиво оформленный сайт упрощает работу неопытному пользователю).
4. Достаточно трудно оценить критерий «мультидисциплинарность» в связи с размытыми характеристиками самого понятия «мультидисциплинарность».
5. Критерий «условия доступа».  В некоторых системах часть источников, материалов — платная. Её можно считать недоступной, но часть материалов — бесплатная (доступная), в связи с этим нужно расширить пункты оценки этого критерия. Та же проблема с  пунктом «наличие полных текстов и доступ к ним»…. на скорую руку

Критерии ИОИС, позволяют подробно анализировать системы, разобраться в данных и  структурировать их надлежащим образом.
Это помогает усвоению информации и нахождению ошибок. Подробный анализ помогает устранить ошибки и усовершенствовать ресурс.